由于科考任务区域限制和科考任务性质的不同，需要对部分重要资源进行补充考察或全疆整体科学考察研究，设置整体类项目任务。同时，在分片区调查以及部分资源全域调查的基础上，需要对资料进行汇编整合，完成总的数据集、图集的全域编制，形成系统性整体性的科考成果。

重点任务包括：开展新疆全域自然遗产资源调查，评估自然遗产的保护与开发价值，筛选国家公园潜力区；开展优势关键资源综合调查和评价，对重要关键矿产地质背景、成矿规律和成矿驱动机制开展研究，评价资源潜力，为找矿突破提供数据支持；评估重点区域的地震地质灾害风险，提出应急管理对策；对各片区成果进行整合和集成研究，产生整体性和系统性成果。